神と人類が共存していた神話の時代、神々は己の欲望を叶えるためには手段を選ばず、激しい権力争いを繰り返していた。
そんな神に対して、ある日、人間の王が反旗を翻す。人類の創造主で、神々の王であるゼウス（リーアム・ニーソン）は、人類に対し激怒する。そして人類を滅ぼすため、冥界の王ハデス（レイフ・ファインズ）を解放する。人間たちは、恐ろしい魔物の脅威にさらされるようになる。ゼウスには、人間であるアルゴス前国王アクリシウスの妻ダナエーを姦通して生まれた息子ペルセウス（サム・ワーシントン）がいた。ペルセウスは人間として育てられて、人間の世界で生きていたので、ハデスの力で家族を奪われる。失うものがなくなったペルセウスは、ハデスを倒し、人類を滅亡の危機から救うという危険な任務を進んで引き受ける。命知らずの戦士たちとともに、ペルセウスは危険な旅に出る。その行く手には、海の底に閉じ込められている巨大な魔物クラーケンや、髪の毛が毒蛇でできたメデューサ、1つの目を共有するグライアイ3姉妹、人間の女性の頭を持つ怪鳥ハーピー、巨大なスコーピオンなど、強力な悪魔や恐ろしい獣たちが待ち構えていた。ペルセウスが生き残るためには、神としての力を受け入れ、自分の運命を切り開かなければならない。